Der Einzelgänger Snake Eyes wird in den uralten japanischen Arashikage-Clan aufgenommen, nachdem er dem Thronfolger des Clans das Leben gerettet hat. In Japan wird Snake Eyes zum Ninja ausgebildet. Darüber hinaus bietet der Clan ihm etwas, wonach er sich lange gesehnt hat: ein Zuhause. Doch als dunkle Geheimnisse aus Snake Eyes Vergangenheit ans Licht kommen, werden seine Ehre und seine Loyalität auf eine harte Probe gestellt.